Omicron本土疫情持續升溫，部份家長擔心接種新冠疫苗有副作用與後遺症，是否讓小朋友「自然感染」獲得抵抗力較安全？馬偕兒童醫院醫務部主任暨急救加護科主任邱南昌醫師受訪強調「這是錯誤概念」，從國外兒童接種疫苗與感染數據來看，強烈建議小朋友應接種新冠疫苗。邱南昌醫師表示，Omicron傳染力極強，未來社區不是自然感染就是接種疫苗而有保護力。對一般健康兒童而言，施打新冠疫苗可減少感染後的重症機率；對於本身有慢性疾病、神經系統疾病、代謝、心臟或肺臟問題的孩子，感染後重症與併發症風險更高，更應接種疫苗提升保護力。
國內於5月2日起正式開放施打兒童疫苗，優先接種廠牌為莫德納（Moderna）。有鑑於莫德納副作用較為劇烈，加上過往兒童接種疫苗的相關數據稀缺，不少家長憂心孩子施打疫苗後，是否將造成嚴重併發症，進而影響生活作息及學業表現。
NT兒童疫苗的劑量相當低，因此不良反應少，在美國的數據發現兒童打BNT心肌炎機率還遠低於青少年。莫德納疫苗效果理論上較好，但劑量高因此不良反應可能較高。打BNT疫苗的12-15歲族群，發生率是百萬分之70.7；16-17歲是百萬分105.9；18-24歲是百萬分之52.4。而打莫德納發生心肌炎的機率，18-24歲是百萬分是56.3，比BNT略高。
Omicron疫情正在各國如火如荼地展開，政府機關普遍呼籲民眾應施打第3劑加強針以獲得額外保護力，雖然感染人數屢創新高，輝瑞（Pfizer）執行長 Albert Bourla 卻在接受以色列媒體訪問時斷言，全球將於「數月後」恢復至接近正常的狀態，並表示新冠病毒不會被徹底消滅，將「陪伴人類往後數年」。Bourla也提到，加強劑並不是最後手段，一年一次針對所有變種病毒的「流感針」劑型，才會是結束大流行的有效作法。
Omicron變種病毒迅速造成各國疫情再起，病毒是否演變出更令人的免疫逃脫能力？發佈在權威科學期刊《科學》的最新研究報告宣稱，Omicron變種病毒擁有更強的免疫逃脫能力，會降低疫苗及人體自然免疫系統的保護力。這項報告由哥倫比亞大學與香港大學共同提出，發現Omicron變種病毒在棘蛋白的變異數量出現多處突變，可能降低新冠疫苗的保護力，及用於感染者身上的單株抗體治療效果。
變種病毒Omicron迅速傳播，各國頻傳「突破性感染」的確診個案。然而，近期一項關於突破性傳染的研究發現，接種後疫苗感染COVID-19病毒可能會增強免疫系統，且能提高對抗新型變種病毒的保護力。有關COVID-19變種病毒的突破性感染，目前的數據顯示感染者可能會面臨長期的後遺症問題，在感染數個月後仍可能有疲勞、胃腸道症狀、認知功能障礙等。一項針對26名接種2劑輝瑞疫苗後，發生突破性感染的個案小型研究發現，將感染者的血清與對照組相比，發現突破感染者的血清更能中和Alpha、Beta、Gamma、Delta等變種病毒，但近期造成最主要疫情的Omicron並沒有納入試驗範圍。
